沿革

本機構は、「特殊法人等整理合理化計画」（平成13年12月19日閣議決定）に基づき、旧公害健康被害補償予防協会（公健協会）及び旧環境事業団について、事業、組織の見直しが行われ、新たに「独立行政法人環境再生保全機構」として平成16年４月1日に設立されました。
　基盤となった両法人の主な沿革や、これまで担ってきた業務の承継状況は以下のとおりです。

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■公害健康被害補償予防協会（公健協会）

公害健康被害補償予防協会は、昭和49年6月、公害健康被害補償法に基づき、公害健康被害補償制度の運営に必要な費用を全国約9,000の工場・事業場から徴収し、都道府県等に納付すること（公害健康被害補償業務）を目的として設立されました。
　その後、大気汚染の状況が改善されてきたことを踏まえ、昭和63年3月、公害健康被害補償制度が改正され、従来の業務に加えて、新たに大気の汚染の影響による健康被害を予防するための事業（公害健康被害予防事業）を開始し、健康相談・健康診査・機能訓練を始めとした地方公共団体への助成、地域住民の健康確保につなげるための調査研究・知識の普及などを行ってきました。
　これら公害健康被害補償予防協会が行ってきた各事業は、全て機構へ承継されています。

■環境事業団

　環境事業団は、昭和40年10月に公害防止事業団法に基づく特殊法人「公害防止事業団」として設立され、大気汚染、水質汚濁、騒音・振動等の産業公害を防止するために、町工場の集団移転、緑地の整備、公害防止施設に対する貸付けなどを行い、その後、平成4年に名称を「環境事業団」と改め、地球環境保全対策（地球環境基金によるNGO支援など）、廃棄物対策（施設整備、技術開発支援など）などに幅を広げて事業を行なってきました。
　これまで、全国で公害防止のための工場の集団移転施設（約4,000社）、緑地（約1,200ha）、産業廃棄物処理施設など、公害の防止と環境保全の事業を行うなど、国の環境政策の実現に寄与してまいりました。
　環境事業団が行ってきた事業のうち、民間活動支援事業（地球環境基金事業）、ポリ塩化ビフェニル廃棄物処理助成事業（PCB基金）、最終処分場維持管理積立金管理業務等が機構へ継承され、ポリ塩化ビフェニル廃棄物処理事業、環境浄化機材貸付事業等は特殊会社日本環境安全事業株式会社へ承継されています。

■アスベストによる健康被害の救済に関する業務の追加

「石綿による健康被害の救済に関する法律（平成18年2月法律第4号）」が公布され、この法律により、(1)認定に関する業務、(2)救済給付の支給に関する業務及び(3)拠出金の徴収に関する業務を行うこととなりました。