酸性雨により、湖や沼、河川などが酸性になると、水の利用への影響や、魚をはじめとする水中の生物への影響が生じることがあります。また、土壌が酸性化して森林等に影響を与え、直接樹木や文化財に付くことによってこれらの衰退や崩壊をうながすなどの影響が生じることもあります。
酸性雨が早くから問題となっている欧米では、酸性雨が原因なのではないかと考えられる湖や沼の酸性化や森林の衰退が報告されています。