第二項一般拠出金は、年に一度、年度の初日から50日以内に申告・納付することとされています。
ただし、第二項一般拠出金の申告額が20万円以上の場合には、これを年3回に分けて延納(分割納付)することができます。
平成22年度以降、船舶所有者の皆様は労災保険適用事業主となりますので、当機構に代わり厚生労働大臣(都道府県労働局)が労働保険徴収システムを利用して拠出金の徴収を行います。